Bilgi İşlem Daire Başkanlığı, Genel Sekreterliğe bağlı olarak faaliyet göstermekte olup Ankara Gülhane Külliyesi ve İstanbul Hamidiye Külliyesi'nde konumlanmış iki şube müdürlüğü ile örgütlenmiştir. Her şube müdürlüğü altında yazılım geliştirme, ağ ve güvenlik sistemleri ile büro ve idari işler alanlarında yapılandırılmış birimler yer almaktadır. Her birimin sorumlusu ve görev alanı yazılı olarak tanımlanmış olup ayrıntılı görev dağılımına Birimlerimiz ve Görev Tanım Formları sayfalarından ulaşılabilir.